在用友軟件中進行憑證整理的步驟如下：

1. 打開用友軟件，進入“財務”菜單，選擇“憑證管理”模塊。

2. 在憑證管理界面，選擇需要整理的憑證類型，如“收款憑證”或“付款憑證”。

3. 根據需要整理的時間范圍，勾選相應的憑證，點擊“整理憑證”按鈕。

4. 系統會自動按照憑證類型和時間順序進行排序。

5. 整理完成后可以預覽整理結果，確認無誤后，點擊“確認”按鈕。

6. 最后憑證整理操作完成。

請注意，在整理憑證之前，請確保所有憑證已錄入系統，以免遺漏。此外，憑證整理通常意味著將已經作廢的憑證徹底刪除，因此在進行整理之前，請確保所有需要作廢的憑證已經被正確作廢。

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